3 - لم توجد شروح لألفاظ الكتاب تشرح غريبها وتوضح المراد بها.
4 - عظم حجم المصنف وكثرة الأخبار المروية فيه، مع كون تلك الأخبار يندر تكرارها فيه.
5 - عدم تعدد نسخه الكاملة بحيث تحتاج إلى التلفيق بين النسخ.
6 - عدم اعتناء المعاصرين بهذا الكتاب عناية تليق به.
7 - تفرق مخطوطاته في البلدان المختلفة.
8 - اختصار المؤلف عند إيراد أسماء رواة الأسانيد مما يوجد الحيرة فيمن هو المراد بتلك الأسماء المختصرة.

‌‌المطلب الرابع: إسناد المصنف
مع أن ابن أبي شيبة كان له تلاميذ كُثْر، وقد ذكر بأن حلقته كان يحضرها قرابة ثلاثين ألفًا، إلا أن المصنف لم تعرف له رواية إلا من طريقين:
الأول: طريق بقي بن مخلد بن يزيد الأندلسي أبي عبد الرحمن القرطبي (200 - 276)، وقد سافر للعراق لطلب الحديث فروى المصنف عن ابن أبي شيبة، وأغلب المطبوع من رواية بقي بن مخلد، بل كله إلا باب الأوائل، وقد رواه عنه اثنان:
أولهما: أبو محمد عبد اللَّه بن يونس بن محمد المرادي المقبري (253 - 330 هـ)، وأغلب رواية بقي المطبوعة جاءت من طريق أبي محمد.