وإن مما يستدرك على عمله – رحمه الله – قصوره في فهرسة الحروف والضمائر الواردة في الكتاب العزيز؛ إذ اقتصر على ألفاظ القرآن – أسماء وأفعالاً – وبعض الحروف (1) ، دون وضع منهج واضح في فهرستها (2) .
ولعلّ هذا ما حدا ببعض الباحثين إلى تأليف معاجم مكملة لعمله، كـ" معجم الأدوات والضمائر في القرآن الكريم " للدكتور إسماعيل عمايرة والدكتور عبد الحميد السيد (3) ، فقد عدّا عملهما تتمة لمعجم محمد فؤاد عبد الباقي (4) ، وكذلك " معجم حروف المعاني في القرآن الكريم " لمحمد حسن الشريف (5) ، الذي نوه في مقدمته (6) إلى أن كتابه يعد إضافة متواضعة إلى الجهود السابقة لوضع فهارس شاملة للقرآن الكريم، مثل: المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم.
ومما يستدرك عليه – أيضا – عدم كتابة الآيات الكريمة وفق الرسم العثماني تبعاً لخط المصحف. وخلو الآيات من الضبط التام بالشكل، مما يتحتم على الباحث العودة إلى المصحف الشريف في كل مرة يستشير فيها المعجم.--------------------------------------------
(1) ينظر: المعجم المفهرس (بلى) 136، (سوف) 371، (مع) 668 وغيرها.
(2) أشار إلى هذا د. محمد عبد الخالق عضيمة في كتابه دراسات لأسلوب القرآن الكريم. تنظر: المقدمة
1 / 3.
(3) صدرت طبعته الأولى عام 1407 هـ.
(4) تنظر: المقدمة: 10.
(5) نشرته مؤسسة الرسالة ببيروت – في ثلاثة مجلدات – عام 1417 هـ.
(6) معجم حروف المعاني 1 / ح.